本院共设置8个内设机构，其中，审判业务部门5个，综合业务部门1个，行政管理部门2个。

1. 立案庭（诉讼服务中心）

主要职能：负责诉讼分流、立案登记、诉讼服务、诉调对接、涉诉信访、司法鉴定等工作；负责小额速裁案件和部分简易程序案件审理工作；负责管辖案件审理工作等。

2. 刑事审判庭

主要职能：负责本院管辖的第一审刑事诉讼案件审理工作。

3. 民事审判庭

主要职能：负责本院管辖的第一审民事诉讼案件审理工作；负责执行异议审查和执行异议之诉审理等执行裁判工作。

4. 行政审判庭

主要职能：负责审理本院管辖的行政非诉案件。

5. 执行局（执行指挥中心）

主要职能：负责执行本院一审生效法律文书以及法律、司法解释规定应当由本院执行的其他生效法律文书；负责执行本院作出的财产保全、证据保全和先予执行裁定；负责执行上级法院交办与执行工作有关的其他任务等。

6. 审判管理办公室（审判监督庭、研究室）

整合审判管理办公室、审判监督庭、研究室等。

主要职能：负责案件质量与流程管理、司法统计与审判态势分析；负责人民陪审员参审事务管理等工作；负责审判委员会日常事务的相关协调工作；负责司法调研、综合文稿；负责再审申请案件审查和依审判监督程序审理的案件。

7. 政治部

主要职能：负责法院人员思想政治工作、新闻宣传工作、法院人员业绩考评、机构编制、组织人事管理工作、人民陪审员人员管理和培训等工作；负责司法巡查、审务监督等法院内部监督工作。

8. 综合办公室

主要职能：负责处理文秘、机要保密、印鉴使用管理和档案管理、重要事项督办，有关会务与接待事务，人大代表议案、政协委员提案交办督促等工作；负责本院物资装备管理、审判法庭建设、信息化建设、诉讼费管理和财务等工作。

保留司法警察大队，作为常州经济开发区人民法院直属行政机构。

保留常州经济开发区人民法院横林人民法庭、横山桥人民法庭，作为基层人民法院派出机构。

依据《中国共产党党和国家机关基层组织工作条例》，设置常州经济开发区人民法院党总支，宣传和执行党的路线方针政策，组织党员学习党的理论、国家法律法规和科学文化知识等；对党员进行教育、管理和服务，负责党员监督工作，加强党风廉政建设，做好发展党员工作；领导机关工青妇等群团组织工作。设置专职人员履行内部监督职责，通过在政治部加挂“督察室”牌子的方式设置内部监督机构，指定专人负责司法巡查、审务监督等法院内部监督工作。

根据工作需要，设置审判委员会专职委员2名，按照同级党政部门副职的规格和条件，从具有良好政治业务素质、符合任职资格条件的法官中产生。